据了解，该条例主要从畜牧业发展规划和畜禽养殖污染防治规划、禁养区和限养区、建设环评、环保配套设施建设等方面规定了畜禽养殖污染的预防措施。
征求意见稿规定，制定畜牧业发展规划要充分考虑环境承载能力和污染防治要求；畜禽养殖污染防治规划由环保部门会同农业部门制定，要充分畜禽养殖生产布局，明确污染防治目标、任务、重点区域、设施建设、防治措施等内容。
征求意见稿规定，新改扩建畜禽养殖场、养殖小区要依法进行环评，环评文件要包括废弃物综合利用方案和措施，同时授权环保部商农业部确定需要进行环评的养殖场、养殖小区的范围和规模。养殖场、养殖小区要建设废弃物贮存设施，并根据需要配套建设无害化处理和综合利用设施或委托其他单位代为处理畜禽养殖废弃物。
征求意见稿还规定，畜禽养殖废弃物要及时收集、贮存、清运，采取防渗漏和防恶臭措施；废弃物未经无害化处理的，不得直接向水体等环境排放；对于染疫畜禽及病害废弃物要按照有关规定进行专业无害化处理。
此外，在畜禽养殖污染防治的制度设计上，设计了区别于一般的工业污染治理模式，着重体现“以奖促治”的管理思路。征求意见稿规定，对于标准化养殖场、养殖小区支出的建设项目环评收费，由各级地方政府给予补助。养殖场、养殖小区在达标排放的基础上，自愿进一步消减排污量的，由县、乡政府给予奖励，并优先列入畜禽养殖发展相关资金扶持范围。
另对可能发生的各种违法行为，征求意见稿规定了相应的法律责任。
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